El principio del fin
Pero las derrotas ante Saladino les hicieron retroceder en Tierra Santa: así, en la batalla de los Cuernos de Hattin que tuvo lugar el 4 de julio de 1187 en Tierra Santa, al Oeste del Mar de Galilea, en el desfiladero conocido como Cuernos de Hattin (Qurun-hattun), el ejército cruzado, formado principalmente por contingentes templarios y hospitalarios a las órdenes de Guido de Lusignan, rey de Jerusalén, y Reinaldo de Chatillon, se enfrentó a las tropas del sultán de Egipto, Saladino. Este les infligió una tremenda derrota, en la que murieron el Gran Maestre de los templarios y muchos de sus caballeros, aparte de las bajas hospitalarias. Saladino tomó posesión de Jerusalén y terminó de un manotazo con el Reino que había fundado Balduino. Sin embargo, la presión de la Tercera Cruzada y, sobre todo, el buen hacer de Ricardo I de Inglaterra (llamado Corazón de León) lograron de Saladino un acuerdo para convertir a Jerusalén en una especie de "ciudad libre" para el peregrinaje.
Después del desastre de Hattin, las cosas fueron de mal en peor, y en 1244 cayó definitivamente Jerusalén, y los templarios se vieron obligados a mudar sus cuarteles generales a San Juan de Acre, junto con las otras dos grandes órdenes monástico-militares: los Hospitalarios y los Caballeros Teutónicos.
Las posteriores cruzadas (esto es, la Cuarta, la Quinta y la Sexta), a las que evidentemente se alistaron los templarios, o no tuvieron un reflejo práctico en Tierra Santa o fueron episodios demenciales (como la toma de Bizancio en la Cuarta Cruzada).
En 1248, Luis IX de Francia (después conocido como San Luis) decide convocar la Séptima Cruzada, y la lidera, pero no conduciéndola a Tierra Santa, sino a Egipto. El error táctico del Rey y las pestes que sufrieron los ejércitos cruzados les llevaron a la derrota de Mansura y al desastre posterior, en el que el propio Luis IX cayó prisionero. Y fueron los templarios, tenidos en alta estima por sus enemigos, los que negociaron la paz y los que prestarían a Luis la fabulosa suma que componía el rescate que debía pagar por su persona.
En 1291 tuvo lugar la Caída de Acre, con los últimos templarios luchando junto a su Maestre, Guillaume de Beaujeu, lo que constituyó el fin de la presencia cruzada en Tierra Santa, pero no el fin de la Orden, que mudó su Cuartel General a Chipre tras comprar la isla.